整理番号:0114647 更新日:2026/01/06
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質問
年の途中で退職した社員に対しすでに源泉徴収票を交付していますが、通勤手当の非課税限度額が引き上げられたことにより再交付が必要です。
システムで再交付のための源泉徴収票を出力できますか?
回答
システムでは源泉徴収票の再交付には対応していません。
そのため、再交付のための源泉徴収票を手書きするか、又は再出力後に手書き補記する対応
をお願いします。

※源泉徴収票の様式のダウンロード
 https://www.nta.go.jp/taxes/tetsuzuki/shinsei/annai/hotei/23100051.htm

※国税庁Q&A
 「支払金額」を訂正し、「摘要」欄に「再交付」と記載するよう案内されています。
 https://www.nta.go.jp/users/gensen/2025tsukin/index.htm


<再交付する場合の対処方法の詳細>
 以下のとおりです。
 なお、年の中途に退職した人に対し支払っていた通勤手当が、改正前の非課税限度額以下
 である場合には特段の対応は不要です。

(1) 改正前の非課税限度額を超えた通勤手当を支払っていた場合で、改正により新たに
 非課税となった部分の金額がある場合は差額分を含めて再度交付が必要となります。
  なお、国税庁Q&Aによれば「摘要」欄に「再交付」の記載も必要とのことです。
 (国税庁の「通勤手当の非課税限度額の引上げに関するQ&A」より)

(2) 非課税差額分を計算します。
  次のQ&Aを参考にしてください。
  通勤手当の非課税限度額の改正に伴い、非課税となる差額を把握・精算する手順は?
  
(3) ただし、システムでは上記(2)の対応をした源泉徴収票再交付には対応していません。
 そのため、再交付のための源泉徴収票は手書き等で対応をお願いします。
 ①手書きで作成する場合
  国税庁ホームページから様式をダウンロードして作成します。
 ②システムで再出力して手書き補記する場合
  1)採用異動タブ「81 退職者(給与)の源泉徴収票」で、表示対象に「全退職者」を指定
   し、該当の退職社員を選択して印刷します。
  2)「支払金額」欄の金額に取り消し線を引くなどして、上記(2)で計算した非課税差額分
   を減算した金額を記入します。
  3)「摘要」欄に「再交付」と記載します。
   ※必要に応じて、「通勤手当非課税差額分が生じたため再交付」などと記載すれば、
    再交付の理由が明確になると思われます。

(4) システム上の該当社員の操作
  該当社員については12月に他の社員と同じタイミングで年調計算を行うため、以下の
 対応をお願いします。
 ①差額分の修正をします。
  詳細な手順はこちら
  ※該当社員の年調対象区分が「年調の対象外」でも、上記の対応をすることで金額の
   修正が可能です。
 ②「年末調整」タブ-「11 年調社員情報の入力(確認)」-「本人控除・前職分」タブで
  年調対象区分が「年調の対象外」となっていることを確認します。
 ③他の社員と同じタイミングで「年末調整」タブ「31 年末調整計算」で計算を実施しま
  す。