可能です。
以下の手順で、電子納税データを読み込み後に修正を行ってください。
１．ＴＫＣ電子納税かんたんキットの「地方税電子納税」タブ－「611 ＰＸ連携」(※)を
クリックし、連携データを読み込みます。
(※)メニューの名称は連携元のシステムに応じて異なります（メニュー番号は同じ）。
２．「1.納付データの確認」をクリックし、修正したい市区町村をダブルクリックします。
３．「② 追加データ」タブを選択し、該当する欄に差額を入力します。
例：連動したデータの金額が20,000円、実際は18,000円の場合
「個人住民税（特別徴収）」欄に-2,000円と入力します。
※マイナス入力した場合、以下のメッセージが表示されますが、[はい]をクリック
します。
（補足）
給与計算システムから連動した場合、金額の修正はできますが、市区町村の追加・削除
はできません。
市区町村の追加・削除がある場合、「612 直接入力」で手入力をして納付処理を行って
ください。