可能です。
以下の手順で、電子納税データを読み込み後に修正を行ってください。
１．ＴＫＣ電子納税かんたんキットの「521 ＰＸ・あんしん給与連携：一般・納期特例」を
クリックします。
２．「1.徴収高計算書データの確認」をクリックし、「② 追加データ」タブを選択します。
３．修正したい欄に差額を入力します。
例：連携したデータの支給額が10,000円、実際は8,000円の場合
支給額欄に-2,000円と入力します。
※マイナス入力した場合、以下のメッセージが表示されますが、[はい]をクリック
してください。
４．「①＋② 納付書データ」タブを選択し、金額等に誤りがないか確認してください。