法人税割が「還付」で均等割が「納付」となる場合(税目内に還付と納付が混在する
場合)、会計事務所システム(TPS1000)の処理年度によって、以下となります。
1.令和2年度以前の会計事務所システム(TPS1000)で電子納税データを作成する場合
還付額と納付額を相殺した額でのみ電子納税できます。
還付額を相殺しない額(別建)での電子納税には対応していません。そのため、還
付額を相殺せずに納付する場合は、紙の納付書等で納付をお願いします。
2.令和3年度以降の会計事務所システム(TPS1000)で電子納税データを作成する場合
会計事務所システムで電子納税データの作成時に、還付額と納付額を相殺した額で
作成するか、還付額を相殺しない額(別建)で作成するかを指定できます。
還付額を相殺しない額(別建)で電子納税データを作成する場合は、納付データの
明細確認画面で、「別建納付」列にチェックを入れて、電子納税データを作成します。

※令和3年度TPS1000[2021年06月版]で「別建納付」に対応しました。