「給与・賞与計算」－「勤怠・支給控除一覧」で「勤怠状況一覧」を確認しています。
「出勤日数合計」という欄に日数が集計されているのですが、この欄にはどのような
日数を集計していますか？

以下の勤怠項目の合計を集計しています。
１．平日出勤日数
２．休日出勤日数
３．有休日数(※)

(※)有休日数を含めるかどうかは、「日給計算における日数」の設定により異なります。
　　設定箇所は以下のとおりです。
(1) 「設定」－「運用基本設定」－「運用基本設定」をクリックします。
(2) 左の一覧から「給与計算」を選択し、「日給計算における日数」を確認します。
　　

（補足）
　任意で登録した勤怠項目を出勤日数合計に含めることはできません。