勤怠項目や支給項目、控除項目を登録し使用していましたが、現在は使用していないため
非表示にしたい。
できますか？

できます。
ただし、給与（賞与）体系や読込レイアウトに使用している項目については、使用しない
項目として設定できません。

手順については以下のとおりです。
１．「設定」－「勤怠・支給控除」－「給与支給項目」をクリックします。
　　※勤怠項目の場合は「勤怠項目」、控除項目の場合は「給与控除項目」をクリック
　　　します。
２．右上の[使用区分設定]をクリックします。
　　
３．「使用する給与支給項目」から使用しない項目を選択し、「使用しない給与支給項目」
　　に移動後、[ＯＫ]をクリックします。
　　

（補足）
　「使用しない給与支給項目」に移動した場合、以下のメニューに表示されません。
　過去分の一人別賃金台帳や給与支払明細書、賞与支払明細書には表示されます。
　１．勤怠項目
　２．給与支給項目
　３．賞与支給項目
　４．給与控除項目
　５．賞与控除項目
　６．給与体系
　７．賞与体系
　８．計算式
　９．賃金テーブル
　10．条件式
　11．給与賞与読込レイアウト
　12．仕訳連携の項目別設定