４月に入社した社員で、資格取得日は４月１日です。
給与計算は当月分翌月支給で行い、最初の支給が５月支給となります。
社会保険料控除のタイミングを「当月分（３月分保険料を３月支給の給与から控除）」の
設定としているため、５月の支給では、４月分と５月分の保険料を控除します。
５月支給で２か月分の保険料を控除するように設定することは可能ですか？

できません。
２か月分の保険料を控除するケースには対応していません。

以下の手順で、手計算した保険料を調整額として入力してください。
１．「給与・賞与計算」－「社員別給与・賞与の入力」をクリックします。
２．該当する支給日の「処理開始」をクリックし、[入力・計算・ＣＳＶ読込へ]をクリック
　　します。
３．該当社員の「入力・計算」をクリックします。
４．画面右上の「歯車」（表示設定）をクリックし、「社会保険料の調整額」の「入力する」
　　にチェックを入れ、[ＯＫ]をクリックします。
　　
５．社会保険料の「単価・割合・調整額」欄に加算する金額を入力し、[計算]を行います。
　　

（補足）
　入力した調整額は、翌日以降の支給日の給与には反映しません。