協会けんぽに加入しているため、事業所の健康保険種類は「全国健康保険協会管掌
健康保険」と設定しています。
特定の社員だけは、報酬月額に基づいた自動計算とは異なる保険料額で控除したい
です。どうすればいいですか？

以下の手順で、保険料の設定を「自動計算しない」としてください。
１．「入社・異動・退職」－「社員」をクリックします。
２．該当社員の「確認」をクリックし、左の一覧より「社保・労保」を選択します。
３．[修正]をクリックし、健康保険、子ども・子育て支援金、介護保険、厚生年金保険
　　それぞれの保険料で「自動計算しない」を選択します。
　　
４．「従業員負担分保険料(支援金)」、「事業主負担分保険料(支援金)」を入力し、
　　[ＯＫ]をクリックします。

（補足）
　直接入力した保険料は、支給確定後翌月以降の計算にも反映します。