社員情報の「通勤手当」で「車・自転車等の交通用具にかかる通勤手当(定期券以外の通勤
手当含む)」の支給を「あり」と設定しました。
「社員別入力」画面に「定期除く通勤手当」欄がありますが、支給する通勤手当を入力
すると、自動で課税通勤手当と非課税通勤手当に振分けられます。
課税通勤手当と非課税通勤手当を手入力する方法はありますか？

課税通勤手当と非課税通勤手当、それぞれに手入力することはできません。

以下の手順で支給項目を作成して入力してください。
１．「設定」－「勤怠・支給控除」－「給与支給項目」をクリックします。
２．右上の[登録]をクリックし、課税通勤手当、非課税通勤手当の項目を作成します。
　　それぞれの各区分は以下のとおりです。
(1) 課税通勤手当
　①所得税　　　：課税
　②基準内賃金　：非該当
　③給与控除計算：対象外
　④社保報酬　　：該当
　⑤固定的賃金　：該当
　⑥労保賃金　　：該当
　　

(2) 非課税通勤手当
　①所得税　　　：非課税
　②基準内賃金　：非該当
　③給与控除計算：対象外
　④社保報酬　　：該当
　⑤固定的賃金　：該当
　⑥労保賃金　　：該当
　　

３．「設定」－「給与・賞与体系」－「給与体系」をクリックします。
４．該当する給与体系の「確認」をクリックし、左の一覧から「支給項目」を選択します。
５．[修正]をクリックし、「当体系で使用しない支給項目」から上記２．で作成した項目を
　　選択して「当体系で使用する支給項目」に移動します。
６．給与計算の画面で、課税通勤手当、非課税通勤手当に金額を入力します。

（補足）
　社員情報で「車・自転車等の交通用具にかかる通勤手当(定期券以外の通勤手当含む)」の
　支給を「なし」と設定した場合、給与計算画面では通勤手当の入力欄が表示されません。