雇用形態が変更になり、給与（賞与）体系を変更することになりました。
注意点はありますか？

あります。
注意点は以下のとおりです。
１．入力済みの給与・賞与データは消去されます。
２．支給開始、または支給終了する支給日を指定している場合、指定していない状態（支給
　　開始、支給終了前の状態）に戻ります。

※給与（賞与）体系を変更する際、以下の確認メッセージが表示されます。
　

（補足）
　次回の支給から給与（賞与）体系が変更になる場合、未確定の支給日の支給確定を
　してから給与（賞与）体系を変更してください。