給与支払明細書を印刷すると、入力していない勤怠項目名や、金額がない支給控除項目名が
表示されます。
給与支払明細書に「０」の項目名を表示しないことはできますか？

できます。
以下の手順で、「給与明細様式」の設定をしてください。
なお設定を変更しても、計算済みの給与は未計算に戻りません。
１．「設定」－「給与・賞与体系」－「給与体系」をクリックします。
２．該当する給与体系の「確認」をクリックします。
３．画面右上の[給与明細様式]をクリックします。
４．「明細部」の[修正]をクリックします。
５．「0円の支給控除項目名」、「0の勤怠項目名」を「印刷しない」と設定し、[ＯＫ]を
　　クリックします。
　　

（補足）
　給与明細様式の設定は給与体系ごとの設定となります。
　他の給与体系でも同じ設定をする場合、同様の設定を行ってください。