給与計算をし、社会保険料が自動計算されました。
しかし当月の給与計算では、自動計算された社会保険料と異なる金額を控除したい。
修正することはできますか？

できます。
以下の手順で、保険料を調整額として入力してください。
１．「給与・賞与計算」－「社員別給与・賞与の入力」をクリックします。
２．該当する支給日の「処理開始」をクリックし、[入力・計算・ＣＳＶ読込へ]をクリック
　　します。
３．該当社員の「入力・計算」をクリックします。
４．画面右上の「歯車」（表示設定）をクリックし、「社会保険料の調整額」の「入力する」
　　にチェックを入れ、[ＯＫ]をクリックします。
　　
５．社会保険料の「単価・割合・調整額」欄に加算（または減算）する金額を入力し、
　　[計算]をクリックします。
　　

（補足）
　１．入力した調整額は、翌日以降の支給日の給与には反映しません。
　２．事業主負担分の仕訳を連携している場合、調整額で入力した金額に応じた事業主
　　　負担分の金額は、仕訳連携されません。
　　　財務会計機能で金額の修正等を行ってください。