非課税通勤手当の設定をし、限度額を超えた分については自動で課税通勤手当に振り分ける
設定をしたい。
どうすればいいですか？

「社員」で以下の設定を行ってください。
１．「入社・異動・退職」－「社員」をクリックします。
２．該当する社員の[確認]をクリックします。
３．「通勤手当」をクリックし、[修正]をクリックします。
４．「車・自転車等の交通用具にかかる通勤手当」または「電車・バス等の交通機関に
　　かかる通勤手当」の設定をします。
５．「非課税限度額」の片道距離を入力します。
　　「非課税限度額①＋②」欄に非課税限度額が表示されます。
　　

（補足）
　「直接入力する」にチェックを入れることで、非課税限度額の直接入力が可能となります。