入社時に控除する社会保険料を自動判定することは可能ですか？

可能です。
１．自動判定する設定
(1) 「設定」－「運用基本設定」－「運用基本設定」をクリックします。
(2) 「社保労保」の[修正]をクリックします。
(3) 入社時を「判定する」と設定し、[ＯＫ]をクリックします。
　　

２．控除開始のタイミング
　　社会保険料控除のタイミングの設定により異なります。
　　社会保険料控除のタイミングの選択をご確認ください。
　　設定をもとに、以下の表のとおり控除を開始するタイミングを自動判定します。
　　

（補足）
　以下のケースに該当する場合、自動判定できません。
　自動計算された社会保険料を当月のみ修正することの可否の手順で手入力を行って
　ください。
　１．２か月分の保険料を控除するケース
　　　給与から当月分保険料を控除する場合で、４月に入社し、入社後の最初の支給が
　　　５月分の給与になる場合。
　　　※５月分の給与で、４月分と５月分の保険料を控除するケース

　２．入社日と社会保険資格取得日が異なるケース
　　　アルバイトから社員に変わり、そのタイミングで社会保険に加入した場合。