協会けんぽに加入しているため、事業所の健康保険種類は「全国健康保険協会管掌健康保険」を設定しています。
特定の社員だけは、報酬月額に基づいた自動計算とは異なる保険料額で控除したいのですがどうすればいいですか？

以下の手順で、保険料の設定を「自動計算しない」としてください。
１．「入社・異動・退職」－「社員」をクリックします。
２．該当社員の「確認」をクリックし、左の一覧より「社保・労保」を選択します。
３．[修正]をクリックし、健康保険・介護保険・厚生年金保険それぞれの保険料で
　　「自動計算しない」を選択します。
　　
４．「従業員負担分保険料」、「事業主負担分保険料」を入力し、[ＯＫ]をクリックしま
　　す。

（補足）
　直接入力した保険料は、支給確定後翌月以降の計算にも反映します。