「株主資本合計」は「純資産合計」の親科目ではないにもかかわらず、親科目として
表示されます。（「株主資本合計」の子科目として、「純資産合計」が表示されます。）
　なぜでしょうか？
　

システムでは、株主資本等変動計算書を読み込む際、表示区分（勘定科目）の一つ上の
行の一番左にある勘定科目を、親科目と判断します。
　以下の例の場合、「株主資本合計」は「純資産合計」の親科目と判断します。

　（例）
　┌－－－－－┬－－－－－－－┬－－－┬－－－－－－┬－－－－－－┬
　｜株主資本　｜　　　　　　　｜・・・｜　　　　　　｜　　　　　　｜
　├－－－－－┼－－－－－－－┼－－－┼－－－－－－┼－－－－－－┼
　｜資本金　　｜資本剰余金　　｜・・・｜株主資本合計｜　　　　　　｜
　├－－－－－┼－－－－－－－┼－－－┼－－－－－－┼－－－－－－┼
　｜　　　　　｜資本準備金　　｜・・・｜　　　　　　｜純資産合計　｜
　├－－－－－┼－－－－－－－┼－－－┼－－－－－－┼－－－－－－┼

　　↓（読込後）

　┌－－－－－┬－－－－－－－┬－－－┬－－－－－－┬
　｜株主資本　｜　　　　　　　｜・・・｜　　　　　　｜
　├－－－－－┼－－－－－－－┼－－－┼－－－－－－┼
　｜資本金　　｜資本剰余金　　｜・・・｜株主資本合計｜
　├－－－－－┼－－－－－－－┼－－－┼－－－－－－┼
　｜　　　　　｜資本準備金　　｜・・・｜純資産合計　｜
　├－－－－－┼－－－－－－－┼－－－┼－－－－－－┼

　「純資産合計」を「株主資本」と同じ行（階層）に修正したＣＳＶを、再度、読込み
直してください。
　
　「電子申告内容の確認」タブで、「株主資本」と「純資産合計」が同じ行（階層）に
表示されることをご確認ください。
　
　なお、ご質問の現象は、「純資産合計」に限らず同じ理由で他の科目でも発生します。