1.原因は、以下のいずれかです。
(1) 先頭の勘定科目の指定が正しくない
(2) 先頭の勘定科目は正しいが、先頭の勘定科目名の前にスペースが含まれている
2.対処方法
(1) 先頭に指定した勘定科目が正しいかをご確認ください。
(2) 確認の結果、先頭の勘定科目が正しい場合は、先頭の勘定科目名の前に含まれる
スペース(全角スペースまたは半角スペース)を削除し、階層構造を再確認(再設定)
のうえ、再度、読込み直してください。
【ご参考】現象の解説
1.国税e-Taxソフト仕様では、勘定科目の階層について以下のとおりとされています。
(1) 先頭の勘定科目の階層は、必ず「1」とする。
(2) 2行目以降の勘定科目の階層は、必ず「1以上」とする。
2.システムでは、「読み込みレイアウトの指定」タブの「科目階層」欄に「空白」を
指定された場合、勘定科目名の前に入力されているスペースの数で、階層数を判断します。
(※)勘定科目名の前に入力されているスペースについて、「全角スペース(半角スペース
2つ)」で1階層とするか、「半角スペース」で1階層とするかは設定可能です。

3.よって、先頭の勘定科目名の前にスペースがある場合、先頭の勘定科目の階層数を
「1」として、以降の勘定科目の階層数も整合を取ります。
以下の例では、先頭の勘定科目「□損益計算書」の階層数を「1」とするため、
2行目以降の勘定科目についても、1階層ずつ減らします。
< 読み込んだデータ(画面上) > → <電子申告データへの変換(確認表上)>
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□損益計算書 損益計算書
□□□□売上高 ___売上高
□□□□売上原価 ___売上原価
□□売上総利益又は売上総損失(△) _売上総利益又は売上総損失(△)
□□□営業収入 __営業収入
-------------------------------- -----------------------------------
(凡例)□:全角スペース、_:階層(字下げ)
4.また、例えば以下のように、先頭に指定した勘定科目より、2行目以降の勘定科目
の階層が小さい(1以下の)場合、先頭勘定科目を1階層とし、かつ、2行目以降の
勘定科目の階層を1以上とするため、すべての科目が1階層(左詰め)となります。
この場合は、先頭の勘定科目を指定し直してください。
< 読み込んだデータ(画面上) > → <電子申告データへの変換(確認表上)>
-------------------------------- -----------------------------------
□□□□売上高 売上高
□□□□売上原価 売上原価
□□売上総利益又は売上総損失(△) 売上総利益又は売上総損失(△)
□□□営業収入 営業収入
-------------------------------- -----------------------------------
(凡例)□:全角スペース、_:階層(字下げ)
5.加えて、勘定科目名の先頭のスペースについて、全角スペースと半角スペースが混
在している場合も、意図した階層になりません。
この場合は、勘定科目名の先頭のスペースを統一(例:1階層は全角スペース1個
に統一)するなどを検討ください。