住宅借入金等特別控除の申告書・証明書からの転記（入力）誤りが考えられます。
住宅借入金等特別控除の申告書・証明書からの転記方法 のとおりに入力してください。
特にご注意いただきたい点は以下のとおりです。
１．システムに転記する「住宅借入金等の年末残高」
申告書の「住宅借入金等の年末残高等（最高3,000万円などの上限がある項目）」を転
記するのではありません。
入力するのは、「③(H30以前は④)×居住用割合」の各列の合計額です。
詳細は、上記の「住宅借入金等特別控除の申告書・証明書からの転記方法」をご参照
ください。
２．申告書に記載されている「住宅借入金等の年末残高」
(1) 申告書に記載すべき「住宅借入金等の年末残高」は、以下の場合、住宅借入金等の年末
残高証明書の金額とは異なる金額になります。
①土地・家屋の取得対価の額が借入金等の残高より少ない場合
②連帯債務の場合
③店舗併用住宅の場合
(2) 上記に該当する場合は、下記の国税庁ホームページの記載例を参考に、証明書の内容か
ら申告書に正しく転記されていること、申告書の金額等が正しく計算・記載されている
ことをご確認ください。
国税庁ホームページ「住宅借入金等特別控除申告書の記載例」