ご質問のエラーが表示される原因としては、次のいずれかが考えられます。
原因別に対処してから、再度電子申告データを送信してください。
1.代表者(受任者)の電子署名において、国税受付システムに登録していない電子証明書で
電子署名した場合
【対処】
「312.電子申告データの作成(完成)」(追加送信の場合はメニュー412)で、
電子申告データを再作成し、国税受付システムへの登録で使用した電子証明書で電子署名
してください。
その後、国税受付システムへ再送信してください。
2.「暗証番号」の再発行を受けた後に、独自の暗証番号を登録したが、電子証明書の登録
を行っていない場合(「暗証番号等の再発行」の電子申告開始(変更)届出書を提出した場
合は、国税受付システムに登録済みの電子証明書も解除されます。)
【対処】
「事前準備」タブの「113.暗証番号・電子証明書・地方税提出先の更新等」の
「3.電子証明書の追加・変更・更新」で、代表者の電子証明書を登録してください。
なお、代表者から委任を受けた役社員(受任者)が電子署名して電子申告する場合は、
受任者の電子証明書を登録してください。
※国税e-TaxHPの関連Q&A
(「本人の電子証明書が登録されている電子証明書と異なるため、再度、電子証明書を確認のうえ送信してください。」というメッセージが受信通知に表示されました。どうすればいいですか。)