みなし納付を行うので、システムでは地方税納付書の作成のみ行うのですが、
地方税ＲＰは確定しないといけないでしょうか？
　確定しない場合に、予定申告以降の処理で何か影響が出てしまわないのでしょうか？

　地方税ＲＰの確定は任意です。（確定してもしなくてもどちらでも構いません。）
　地方税ＲＰを確定されなくても、それ以降の処理で何か影響が生じることはありません。

　地方税ＲＰの確定が必要となるのは、予定申告の電子申告をされる場合です。
　※予定申告で地方税ＲＰを確定していない場合、e-TAX連結納税のメニュー312で、
　　下記メッセージが表示されて、電子申告データが作成できません。

　　注意：地方税申告書の作成完了（確定）が行われていません。