可能です。
メニュー812で、電子申告する税目のタブでのみ、電子申告データを作成（変換）して
ください。
(例)消費税のみ電子申告する場合は、消費税タブのみで電子申告データの作成を行い、
それ以外の税目のタブでは、電子申告データの作成は行わないようにご注意ください。
もし、電子申告しない税目のタブで、間違えて電子申告データを作成してしまった場合は、
以下のご対応行ってください。
※間違えて作成した電子申告データの削除はできません。
１．地方税のデータを間違えて作成した場合
メニュー821で電子申告（電子申告データの送信）を行う際に、eLTAX独自の暗証番号
をわざと間違えることで、国税のみ電子申告できます。
２．法人税・地方法人税のデータを間違えて作成した場合
メニュー821で電子申告（電子申告データの送信）を行う際に、e-Tax独自の暗証番号
をわざと間違えることで、地方税のみ電子申告できます。
３．消費税のデータを間違えて作成した場合
こちらのオンラインＱ＆Ａをご参照ください。