勘定科目内訳明細書の受信通知が２つに分かれることがあるのは、国税e-Taxソフト仕様
なので問題ありません。
【ご参考】勘定科目内訳明細書の受信通知が２つに分かれる理由
勘定科目内訳明細書の全16帳表のうち、「１（預貯金の内訳書）」～「８（支払手形
の内訳書）」の中に貴社で作成した内訳書がある場合は、勘定科目内訳明細書1として
電子申告されて、対応する受信通知が返されます。
https://www.e-tax.nta.go.jp/hojin/gimuka/csv_jyoho2_meisai_31.htm
また、同16帳表のうち、「9（買掛金(未払金・未払費用)の内訳書）」～「16（雑益、
雑損失等の内訳書）」の中で、貴社で作成した内訳書の受信通知が勘定科目内訳明細書2
として電子申告されて、対応する受信通知が返されます。
以前は、勘定科目内訳明細書を電子申告する際に、格納できる勘定科目内訳書の
最大容量が10MBの制限があったため、明細数の多い内訳書を複数作成している場合には
納まりきらないことがあったため、上記のように各最大８種類の内訳書を２回の送信に
分けて送るのが、国税e-Taxソフトの仕様でした。
現在は、大法人の電子申告義務化の影響もあり、当該最大容量が20MBに拡張されたので、
１回の送信でも送れるだけの容量になったのですが、国税e-Taxソフト仕様に変更はなく、
２回に分けて送る仕様のままです。
(例1)「１ 預貯金の内訳書」だけ電子申告した場合は、勘定科目内訳明細書1のみ電子
申告されて、勘定科目内訳明細書1の受信通知のみ返される。
(例2)「9買掛金(未払金・未払費用)の内訳書」だけ電子申告した場合は、勘定科目内訳
明細書2のみ電子申告されて、勘定科目内訳明細書2の受信通知のみ返される。
(例3) 「１ 預貯金の内訳書」と「9買掛金(未払金・未払費用)の内訳書」の２つを電子
申告した場合は、勘定科目内訳明細書1と勘定科目内訳明細書2の２つが電子申告
されて、勘定科目内訳明細書1と勘定科目内訳明細書2の２つの受信通知が返される。