システムからは、支払金額が500万円以下の給与所得の源泉徴収票を提出できません。
所轄税務署から示された方法は、eLTAXの電子的提出一元化の機能を利用して電子申告す
る際の設定ですが、システムはこの送信方法には対応していません。
給与所得の源泉徴収票の提出範囲は、以下のとおり所得税施行規則第93条で定められ
ています。
システムはこの提出範囲内の源泉徴収票のみを電子申告する仕様としています。

(出典)給与所得の源泉徴収票等の法定調書の作成と提出の手引き
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コチラ)をご
確認ください。