２回目の申告でも、電子申告できます。
電子申告する場合は、電子申告データを再作成後、電子署名してからデータ送信してくだ
さい。
また、２回目の申告について、電子申告せず、書面で提出することもできます。
※国税ｅ－ＴａｘＨＰの関連Ｑ＆Ａ
［問］
当初、ｅ－Ｔａｘを利用して行った申告について、書面で修正申告をしてもよいのです
か。また、逆も可能ですか。
［答］
当初、ｅ－Ｔａｘを利用して行った申告について、書面で修正申告することは可能です。
これは、ｅ－Ｔａｘが利用者にその利用を義務付けるものではなく、書面による申告書等の
持参又は送付による提出方法に加え、電子データの形式でインターネットを通じて送信する
という、新たな提出方法の選択肢を利用者等に提供するものであるためです。
したがって、当初、書面で行った申告について、ｅ－Ｔａｘを利用して修正申告すること
も可能です。
（http://www.e-tax.nta.go.jp/toiawase/qa/yokuaru01/07.htm）