以下の原因が考えられます。
内容を確認して修正してください。
１．個人番号欄が指数変換されている（例：1.23457E+11）
Excelでデータを作成(修正)する場合、セルの書式設定（表示形式）が文字列以外だと
指数に変換されたり、先頭の「0」が削除されます。
以下を参照してください。
法定調書や給与支払報告書のＣＳＶデータをＥｘｃｅｌで作成する場合の注意事項は？
２．個人番号欄にスペースが入力されている
３．11桁以内の数字が入力されている
４．誤った個人番号が入力されている
個人番号の入力に誤りがある場合には、チェックデジットによるチェック機能で、エラー
となります。
＜チェックデジットによるチェック機能とは＞
マイナンバー(個人番号)は、１１桁の番号と１桁の検査用数字で構成されています。
この１桁の検査用数字をチェックデジットと呼んでいます。
１１桁の番号を基に法令に規定された算式で導き出される検査用数字と、入力された
１桁の検査用数字が同じかどうかをチェックすることで、入力誤りを防止する仕組みです。