源泉徴収票を分けて出力することはできません。
年の中途で税表区分が変わった場合、社員情報で税表区分を変更します。
源泉徴収票は、社員情報で設定されている最終的な税表区分で１年間の実績を集計し出力さ
れます。
そのため、甲欄と乙欄に分けて源泉徴収票を印刷することはできません。
それぞれ手書きで作成をお願いします。
なお、乙欄の社員は年末調整対象外のため、システムで年調計算を実施すると甲欄の実績も
含めた１年間の合計金額で年調未済の源泉徴収票が出力されます。
参考：国税庁HP（主たる給与の支払者が交代した場合の記載方法）
https://www.nta.go.jp/law/shitsugi/hotei/7/11.htm
（補足）
応用的な方法ですが、システムでそれぞれの源泉徴収票を出力する場合は以下の対応と
なります。
１．甲欄のみの源泉徴収票の出力方法
(1) 同一社員の社員情報を新規登録する。
(2) 「会社・社員」タブ－「過去給与データの入力」※で甲欄としての実績を登録する。
(3) 退職処理を行い、今回の給与を「支給なし」として処理する。
(4) 退職者の源泉徴収票を印刷する。
(5) 年末調整時は、(1)で登録した社員について年調対象区分を「年調の対象外」として
年末調整を行う。
２．乙欄のみの源泉徴収票の出力方法
甲欄の実績を相殺して０とし、乙欄の実績のみになるように修正します。
(1)「会社・社員」タブ－「過去給与データの入力」※で支給日を登録して、甲欄の実績が
０になるよう同額をマイナスで入力する。
(2) 年調対象外で年末調整計算を行い、源泉徴収票を出力する。
※「過去給与データの入力」メニューでの操作については
こちらを参照してください。
なお、上記手順で処理をした場合、源泉徴収票合計表や給与支払報告書は２名分提出され
ます。注意点については以下のとおりです。
①国税
同一人物の源泉徴収票を２枚（甲及び乙）作成することとなります。
そのため、法定調書合計表の「１ 給与所得の源泉徴収票合計表」の人員が２人と
カウントされます。
※どちらも税務署提出要否が「○」の場合、源泉徴収票の摘要欄に記載があるため、
税務署側で判断ができるが、詳細については税務署にお問合せをお願いします。
②地方税
給与支払報告書を提出する際に、上記の①と同様、同一社員を甲欄と乙欄で登録するた
め、給与支払報告書が２枚提出されます。