今回退職社員の社会保険料を２か月分(前月分と当月分)控除したいのですが、どうすれ
ばいいですか？

　２か月分の保険料を直接入力する必要があります。
　下記１を前提として、下記２のとおり対処してください。

１．前提
　　次の両方に該当する場合です。
(1) 前月分の社会保険料を当月支給する給与から控除している。
(2) 退職年月日が当月末日（＝資格喪失日が翌月初日）である。

２．直接入力する方法
　　次のＱ＆Ａを参照してください。
　　給与計算で健康保険料等の控除額を直接入力する方法