支給がなかった項目があります。
給与支払明細書に表示しないように設定したいのですが、できますか？

できます。
以下の手順で「単価・内訳等の印刷指定」をしてください。
１．「給与」タブ－「31 給与支払明細書」をクリックします。
２．[単価・内訳等の印刷指定]をクリックします。
　　
３．「金額「0円」の項目名」のチェックを外し、[ＯＫ]をクリックします。
　　

（補足）
　当設定は支給項目１～１３、支給項目２０、控除項目１～１０の項目に反映します。
　なお、支給項目２０については、「非課税」を非表示にすることはできません。