下記１の原因が考えられます。原因ごとの確認方法は下記２のとおりです。
なお、給与控除額の計算式は、最後の（ご参考）のリンク先を参照してください。
１．原因
次のいずれかが考えられます。
(1) 支給項目の給与控除区分が誤りだった（意図どおりでなかった）ため。
(2) 欠勤日数等には値を入力したが、給与控除項目には入力していなかったため。
(3) 加算分を入力していたため。
２．確認方法
(1) 支給項目の給与控除区分の確認方法
会社情報タブ「9 給与体系情報」で、[勤怠支給控除項目の設定へ]ボタンを
クリックし、「項目属性・仕訳科目の登録」画面で、各支給項目について
「給与控除対象区分」を確認（変更(※)）します。
(2) 給与控除項目の確認方法
給与タブ「11 社員別データ入力・計算」の勤怠項目の入力画面で、「給与控除
項目」の「控除日数」「控除時間」を確認（入力）します。
なお、勤怠項目を修正する場合は、[F1 修正]をクリックします。それでも修正
できない場合は、画面上部の[入力定義]で「入力」にチェックを付けてください。
(3) 加算分の入力有無の確認方法
①給与タブ「11 社員別データ入力・計算」－[支給へ]の支給・控除項目の画面で
[F1 修正]をクリックし、「給与控除額」欄の「□」ボタン又は[F7 加算分]を
クリックします。(※)
クリックできない場合は、画面上部の[入力定義]をクリックし、給与控除額の
「入力」のチェックを付けてから、再度試してください。
②「加算分の登録」画面が表示されますので、加算分の入力有無を確認します。
加算分が入力されていれば、自動計算額に加算して控除されます。
（ご参考）給与控除額（欠勤控除）の計算式は
こちら。