製造原価科目を利用しないように設定できますか？

　可能です。次の手順で設定変更を行ってください。
１．「会社情報」タブのメニュー「2　経理情報」を選択します。
２．「製品製造原価科目」を「利用しない」に設定します。

【「経理情報」画面】
　

〔ご参考〕
　製造原価科目に過去残高・仕訳があると設定変更できません。「エラー／製造原価科目に残高もしくは仕訳があるため変更できません」のメッセージが表示されます。