できません。次のいずれかの方法での運用をご検討ください。
１．e-Taxソフトで特別償却の付表を作成し、「追加送信」する。
※TPS1000ではTPS1000で未対応の別表等に限りe-Taxソフトで取り込めます。
TPS1000-K3で作成できる特別償却の付表は取り込めません。
（ご参考）法人が申告した法人税及び消費税等の別表や付表等を追加で送信するには、
どうすればいいですか。
https://www.e-tax.nta.go.jp/toiawase/qa/yokuaru05/14.htm
２．手書き等で作成して別途送付(郵送)
※電子申告受付前の様式であればPDF添付も可能です。
※電子申告の義務化対象法人の場合、郵送は不可です。
３．TPS1000-K3で特別償却の付表を作成してTPS1000に連携する。
※別表16は固定資産管理システムから連携することになりますので、誤って
TPS1000-K3から別表16を連携させないようにご注意ください。